Антон Шипулин родился 21 августа 1987 года в Тюмени. С ранних лет начал заниматься лыжными гонками, однако после решил попробовать себя в биатлоне.
После 2004 года получил приглашение от тренера олимпийских чемпионов Юрия Кашкарова. В 2006 году Шипулин впервые победил на юниорском чемпионате мира. После серии успешных выступлений Антон попал в основной состав сборной.
Дебют Шипулина на Кубке мира состоялся в январе 2009 года. Однако организм спортсмена пока не справлялся с большими нагрузками. Уже на Олимпиаде в Ванкувере в 2010 году он стал бронзовым призером в составе мужской эстафеты. В 2014 году в Сочи он взял золоту медаль на Играх.
Из-за скандала с допингом Шипулина не допустили до участия в Олимпийских играх в Пхенчхане в 2018 году.